Jonathan Pereira milita en las filas del Racing de Santander, cedido por parte del Villarreal. El 30 de junio de 2009 expira su préstamo en tierras cántabras y el jugador mira con optimismo la posibilidad de regresar al Madrigal. En declaraciones para el diario Marca, Pereira ha señalado:
De la posibilidad de volver no sé nada por ahora. Es algo que se viene comentando últimamente, pero desde el club no me han dicho nada al respecto. Sin duda esa es mi mayor ilusión, ya que para mí le Villarreal es mi casa y tras dos años cedido mi ilusión es jugar allí
Pese a la evidente ilusión que le genera la posibilidad de volver al Villarreal, Jonathan Pereira ha añadido que no le importaría, en absoluto, defender, por más tiempo, los colores del Racing de Santander.
"No es ni mucho menos una mala opción, todo lo contrario. Si no puedo volver al Villarreal, quedarme otro año en Santander sería lo mejor para mí. Aunque este es un tema que supongo ya hablaremos a final de temporada", ha confirmado Pereira.